(🐑)　21世纪初(🙄)，人类(lèi )将多数(⛓)人留在(zài )被(bèi )哥(⛏)斯拉(🤷)蹂躏的地球(🤲)上，仅使被(bèi )选中(zhōng )的人(rén )们乘上(shàng )恒(héng )星(xīng )间移民船(chuán )·(🌮)阿拉特拉姆(❕)，前往能(néng )够移居的“约定(dìng )之地(dì )·τ星(🏻)e”。但(dàn )这(zhè )一(yī )(🥋)计划失败(💅)，人类只得再(zài )度返(🔈)回(🏒)地球。而长距(🤔)离亚空间(🤥)航行所引发的时空歪(👵)曲，导致人类回(🔞)到的地方(fāng )变成了“两万年后的地球”。在这个地(dì )球，主人公·晴男等人在遭(🐂)受(👚)哥(🛃)斯(⏺)拉(lā )袭击的(🤼)同时，与(yǔ )(🕺)埃(āi )(💑)克(kè )西弗、比尔沙(shā )尔(❄)德(dé )两种族的(de )(🔮)异星(🈳)人共同(tóng )实行谋(💕)划了20年的“对哥斯(sī )拉战术(💨)”，通(🛃)过(🛌)殊死(sǐ )战斗成功击倒了哥斯拉。
　(🤯)　但喜悦(yuè )并未持续多久，深藏地下的真正哥(gē )(🐁)斯(sī )拉“哥(gē )(🎦)斯拉·地球”现(🌔)身了。两万年间持续(✒)成长生存、身高(🏌)300米(🕝)、质量超过10万(wàn )吨(😞)，在进化成(chéng )这种姿态的超巨大哥斯拉(🗻)压倒性的破坏力(lì )面(✝)前，晴男等人(👑)落花(huā )流水。
　　拯救(🚑)了(🏻)晴男(nán )的是被视为人类(lèi )的残(🔛)存者(😿)“弗图亚”之(zhī )民，米亚娜。弗图亚是他们在这(🈶)个(🧀)地球首(shǒu )次遇到的人型生命种族。他(tā )们会(⚡)是人(rén )类的子孙吗——。“弗图亚的(de )神也被哥斯拉击(🏺)破，如今(✨)只剩下卵。挑战者、抗争者，全部(🔓)被(bèi )(👽)火(🔄)焰吞(Ⓜ)噬而(ér )消失了”面对这样(yàng )的他们，晴男(nán )回应(yīng )(🚽)道“这(♌)是以(🍯)人(rén )类(lèi )的双手夺(📈)回地球(qiú )的最(zuì )后(☔)机(jī )会了”。
　　(♿)另一方面，比尔沙(🏋)尔(ěr )德(dé )的指挥官(guān )(🛀)·加(jiā )(🛴)尔(ěr )格，注意到弗(fú )图亚(yà )使(shǐ )用(🍞)的箭(jiàn )头是由“自律(🍙)思考金属体·纳米金属”所制(✒)造而欢喜。这和21世纪(jì )(🏁)他(tā )们在富(🐝)士山麓作(zuò )为“对哥斯拉决战兵器”所开(kāi )发、(🤤)在(🥇)启(🥈)动前遭(zāo )到破坏的(🌔)“机械哥斯(🏴)拉(lā )”由同(tóng )种物质所(suǒ )构成(chéng )。这正(😖)是(shì )当(dāng )时的开发设备至今(😂)仍然残(🐢)存的证明——。